解析：实务中，当事人通过补充合同以变更建设工程施工合同中纠纷解决方式的现象较为常见。我们认为，通过补充合同变更主合同的纠纷解决方式的约定是有效的。

在建设工程领域，当事人往往就同一建设工程项目签订“黑白合同”以达到逃避各级建设主管部门监管、不缴或者少缴税款、在建设工程招标投标中取得竞争优势等不正当目的。《招标投标法》第四十五条第二款规定:“中标通知书对招标人和中标人具有法律效力。中标通知书发出后，招标人改变中标结果的，或者中标人放弃中标项目的，应当依法承担法律责任。”因此，中标合同不应再进行实质性内容的变更。而何为“实质性变更”？最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第二条第一款规定：“招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。”

由此可知，建设工程的工程范围、建设工期、工程质量和工程价款等内容属于建设工程合同的实质性内容，而纠纷解决方式的变更并非内容的实质性变更。此外，《民法典》第五百四十三条规定:“当事人协商一致，可以变更合同。”

因此可知，当事人另行签订补充合同以变更纠纷解决方式属于当事人意思自治的范畴，该变更约定有效。